廟宇雖經歷多次重修，但一直保留福佬廟屋傳統風貌。廟身為磚木構造，二進式傳統閩南廟宇，分為三川殿與正殿，以廊相接， 正殿樑柱構架為疊斗式，廟兩旁為後廳與廟室，中軸空間配置自前而後為廟埕、三川殿、天井、正殿。它的木造結構、斗拱、裝飾及石材雕刻，皆來自中國，廟內石雕，樸實簡雅，其石材、雕飾物雅緻絢爛緊密，其木材亦是唐山福杉。

　　西元1817年「奉憲」 碑鑲於左外牆（奉憲嚴禁羅漢腳惡習碑記）， 碑文記述當時聚落消滅流棍事蹟，廟內壁亦有聚資重修碑兩座（興建天后宮碑誌、重修天后宮碑記），皆是研究旗山發展史的珍貴資料。正殿上方，懸有道光二年 ( 西元1822年）『坤德配天』扁額一方。

　　旗山天后宮主祀『媽祖』(實有五媽) ，左祀『境主公』、『大成至聖先師』、『五文昌帝君』、『倉頡制字先師』『月老星君』，右祀『註生娘娘』、『五大先師』、『田都元帥』、『金虎將軍』。有千里眼、順風耳二護法將軍，座下有山神座騎－『虎爺』。每年農曆三月廿三日媽祖誕辰，都舉行廟會祭典，每四年擴大舉辦平安遶境活動。凡本地其他宮廟有舉行慶祝活動，皆當先請媽祖，以示敬重。